Nieodpowiednia nagroda
Trudnością w stosowaniu tej metody może okazać się dobranie odpowiedniej nagrody, która byłaby dla dziecka wystarczająco motywacjna. Czasami dzieci same nie wiedzą, czego rzeczywiście by chciałaby, a czasami to rodzic z góry zakłada, że wie co byłoby najlepsze dla jego pociechy. Kluczem do rozwiązania tej sytuacji, jest przetestowanie przynajmniej kilku nagród proponowanych przez dziecko.
Za dużo naraz
Najlepiej jest, gdy system żetonowy poświęcony jest jednemu, konkretnemu zachowaniu. Jeżeli dziecko jest starsze (powyżej 4 lat), to można wprowadzić maksymalnie 3 rodzaje zachowań nagradzanych systemem żetonowym. W przypadku, gdy różnią się one rodzajem trudności, można przełożyć to na wagę nagrody żetonowej. Na przykład za samodzielne umycie zębów, dziecko otrzymuje 1 żeton, za posprzątanie wszystkich zabawek 2 żetony, a za samodzielne ubranie się rano 3 żetony. Rodzic sam powinien ocenić, które zachowanie jest dla dziecka większym wyzwaniem.
Zbyt szybka rezygnacja
Praca nad danym zachowaniem trwa zazwyczaj od jednego do trzech miesięcy. Kiedy działania, które podejmujemy nie przynoszą natychmiastowych rezultatów, często rezygnujemy z nich zbyt szybko. Zapominamy przy tym jednak, że poprzednie, złe zachowanie było utrwalane przez wiele tygodni, aby więc nawyk okazał się wystarczająco trwały warto przedłużyć nieco proces zanim stwierdzimy, że nic z tego. Po utrwaleniu danego zachowania, dobrze jest jeszcze przez jakiś czas je nagradzać. Zwłaszcza jeśli zostanie wykonane w szczególny sposób (np. dziecko nie tylko odrobiło
zadanie domowe samodzielnie ale też pomogło w wykonaniu tego zadania swemu rodzeństwu).